Kvótakerfið og nýting auðlinda hafsins er málefni sem lítil sátt er um. Núverandi handhafar kvótans eru eðlilega hræddir við allar breytingar á því kerfi sem nú er við lýði. Þeir hafa byggt upp fyrirtæki sín með fyrirfram gefnum forsendum. Margar hliðar eru á kvótakerfinu en þær snúa m.a. að mannréttindum, nýtingu auðlinda hafsins, rekstri útgerðar- og fiskvinnslufyrirtækja, framsali aflaheimilda og nýliðun í greininni.